پس از اتفاقاتی که برای دروازه‌بان استقلال در حاشیه یکی از دیدارهای این تیم رخ داد حسین حسینی با مشکلات عدیده‌ای به لحاظ کمیته های انضباطی و اخلاق مواجه شد که در نهایت شایعاتی را پیرامون این دروازه‌بان به راه انداخت.
بلافاصله پس از پایان لیگ برتر بیست و سوم عنوان شد که مشکلاتی برای ادامه همکاری باشگاه استقلال با سیدحسین حسینی به وجود آمده است .
انتشار خبر پیشنهاد تیم یونانی برای این دروازه‌بان ملی پوش، این ذهنیت را تقویت کرد که شاید حسینی اصلاً نتواند در فوتبال ایران حضور داشته باشد و باید مثل عارف غلامی از کشور به یک لیگ دیگر کوچ کند!
حالا و با تثبیت قرارداد جواد نکونام و استقلال برای فصل دوم گفته می‌شود یکی از خواسته‌های بزرگ و اصلی سرمربی آبی پوشان تهرانی ادامه همکاری باشگاه با سیدحسین حسینی است.
به یاد داریم در تابستان سال گذشته و در شرایطی که گفته می‌شد شاید حسینی از استقلال جدا شود نکونام سفت و سخت پای این دروازه‌بان ایستاد و بعد از صحبت شخصی با حسینی، او را مجاب کرد تا در استقلال بماند. این دروازه‌بان هم به عهدش وفا کرد و با کمترین گل خورده لیگ را به پایان رساند.
حالا عنوان شده جواد نکونام از مدیران هلدینگ خواسته تحت هر شرایطی مشکل سیدحسین حسینی را برطرف کنند تا این دروازه‌بان بتواند در فصل بیست و چهارم لیگ برتر نیز از دروازه استقلال حراست کند.
گفته می‌شود نکونام به حسینی اعتقاد ویژه دارد و معتقد است نباید نظم خط دفاعی تیمش با وجود سیلوا، سهرابیان، مرادمند و حسینی بهم بخورد و در غیر این صورت اوضاع خط دفاعی اش تحت الشعاع این موضوع قرار خواهد گرفت.